При использовании MySQL я столкнулся с бедой, связанной с количеством открытіх файлов. Когда их очень много, MySQL сваливается, т.к. упирается в лимит (1024 открытых файла). Отсюда и ниже цитировение: текущее использование открытых файлов можно узнать так:

lsof -u mysql | wc -l

Если же оно приближается к 1024, то стоит в блок [mysqld] файла my.cnf добавить следующее:

open_files_limit = 8192

И перезапустить MySQL
У кого как

• service mysql restart (ubuntu)
• ./usr/local/etc/rc.d/mysqld restart (freeBSD)
• .. и дальше, смотря у кого на чем стоит и как установлено